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L'ostéopathie est organisée autour de quatre principes de bases :

Chaque structure du corps a une fonction physiologique, chaque fonction entretient une certaine structure et la structure gouverne la fonction. Par exemple, le tube digestif est considéré comme structure, la digestion comme fonction et la forme (ondulations, villosités, microvillosités, etc.) de l'intestin permet sa fonction (digestion, rôle dans l'immunité et le système hormonal…). Le squelette, en tant que charpente osseuse, et sa musculature ont une grande importance, en tant que support des autres systèmes et organes dont la mobilité naturelle est nécessaire pour un bon fonctionnement durable des systèmes nerveux, musculaire, circulatoire, respiratoire, etc.

Concept d'unité et d'interrelations entre les différentes parties du corps : toutes les parties du corps sont reliées, par la vascularisation, le système nerveux, le tissu conjonctif, le système lymphatique et hormonal), mais aussi de l'être humain dans sa globalité, rassemblant ses aspects physique, émotionnel, mental, intellectuel et spirituel. L'ostéopathie postule une interrelation entre la structure et la fonction : un organe ne pourrait fonctionner correctement que si sa configuration tridimensionnelle est conforme à ce qu'elle devrait être, et inversement.

Principe d'auto-guérison : le corps dispose de nombreux systèmes de réparation, adaptation, défense ou compensation. Ce postulat de Andrew Taylor Still, créateur de l'ostéopathie, est considéré comme peu scientifique par certains. L'ostéopathe ne ferait que stimuler les facultés d'auto-guérison chez le patient. Les ostéopathes fondent leur réflexion sur les conditions qui ont mis ces moyens en défaut, et tentent de lever l'obstacle.

Le rôle de l'artère est absolu : toute structure somatique non atteinte d'une lésion organique est capable de fonctionner normalement, pour peu que sa vascularisation soit correcte et que l'alimentation ait fourni des nutriments qualitativement et quantitativement suffisants.

Ces concepts sont appliqués à l'anatomie et à la physiologie humaines. «Le rôle de l'artère» est une manière particulière de voir les choses. Aujourd'hui, tous les ostéopathes n'y accordent pas la même importance. Les ostéopathes dits «scientifiques», considèrent que ce rôle n'est pas suffisant pour assurer une fonction normale.

Des années 1970 à 1997, de nombreux procès pour exercice illégal de la médecine ont été intentés contre des ostéopathes, conduisant la plupart des ostéopathes exclusifs à une méfiance envers le corps médical.

Pour l'Académie nationale de médecine, l'ostéopathie fait partie des «doctrines irrationnelles et antiscientifiques». Avant 2007, on pouvait lire sur le site de cette académie que les ostéopathes exclusifs étaient considérés comme des charlatans.

Un changement d'opinion s'est opéré petit à petit, au fur et à mesure de l'augmentation du nombre de Français traités par l'ostéopathie, du nombre grandissant d'articles dans la presse, et de la publication d'une loi et d'un décret intervenant 10 ans après la décision européenne de reconnaître l'ostéopathie.

L'Académie nationale de médecine admet désormais la pratique de la médecine manuelle ostéopathie si elle est exercée par des médecins. Elle est reconnue comme une orientation du médecin, qu'il soit généraliste ou spécialiste. En effet, les ostéopathes non médecins sont des professionnels autonomes, indépendants de toute instance législative ou ordinale, mais bien évidemment soumis au code civil et pénal comme tout citoyen. Le médecin ostéopathe quant à lui est soumis au Code de santé publique, au Code de déontologie médicale, au code de la Sécurité Sociale et au conseil national de l'Ordre des médecins.

Depuis l'apparition d'un cadre légal en 2002, dans le cadre de contrats spécifiques, certaines assurances complémentaires remboursent les frais liés à la consultation d'un ostéopathe. De plus, depuis le 29 décembre 2007 et au vu de l'article 58 de la loi de finances pour 2007, les ostéopathes sont exonérés de TVA.